Tugas Pokok STAIN Kudus adalah melaksanakan Pendidikan Tinggi dan Penelitian serta Pengabdian kepada Masyarakat di bidang pengetahuan Agama Islam, teknologi dan/atau kesenian yang bernafaskan Islam sesuai dengan peraturan perundangan yang berlaku.
2.
STAIN Kudus mempunyai fungsi
a.
Penyusunan dan perumusan konsep kebijaksanaan dan perencaan program;
b.
Penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran Ilmu Pengetahuan Agama Islam dan teknologi serta kesenian yang bernafaskan Islam.
c.
Pelaksanaan penelitian dalam rangka pengembangan ilmu Pengetahuan Agama Islam dan teknologi serta kesenian yang bernafasarkan Islam;
d.
Pelaksanaan Pengabdian Kepada Masyarakat;
e.
Pelaksanaan pembinaan kemahasiswaan
f.
Pelaksanaan, pembinaan civitas akademika;
g.
Pelaksanaan kerjasama dengan Perguruan Tinggi dan/atau lembaga-lembaga lain;.
h.
Pelaksanaan pengendalian dan pengawasan kegiatan;
i.
Pelaksanaan penilaian prestasi dan proses penyelenggaraan kegiatan serta penyusunan laporan;
j.
Pelaksanaan kegiatan administrasi;
3.
Tujuan STAIN Kudus :
a.
Menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan akademik dan/atau profesional yang dapat menerapkan, mengembangkan dan/atau menciptakan ilmu pengetahuan agama Islam dan teknologi serta seni yang bernafaskan Islam;
b.
Mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan agama Islam dan teknologi serta seni yang bernafaskan Islam; dan mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan taraf kehidupan masyarakat dan memperkaya kebudayaan nasional.